Fortsättningen på Miss Peregrines hem för besynnerliga barn tar vid där den första boken slutar. Efter att ha klarat sig från miss Peregrines ö, flyr Jacob med sina nya vänner till den märkliga staden London. Där träffar de en farlig galning som heter Caul. Han visar sig vara bror till miss Peregrine och han är ute efter barnens krafter. Jacob är den enda som kan rädda sina vänner från en säker död.
Precis som den första boken är Spökstaden full av spöklika foton som författaren har hittat hos olika samlare. Spökstaden är en besynnerlig historia med märkliga foton, ett äventyr som kan läsas av alla från 12 år och upp.